Bencana alam seperti tsunami, banjir besar, gempa bumi dan lain-lain akan menjejaskan habitat organisma dan mengakibatkan sebahagian besar populasi mati. Populasi yang terselamat dikenali sebagai populasi kecil.
Populasi kecil menghadapi masalah kepelbagaian genetik iaitu Bottleneck Effect, Founder’s Effect, Hanyutan Genetik (Genetik Drift), Pengaliran Gen (Gene Flow), Kemelesetan Kacukan Luar (Outbreeding Depression), Kemelesetan Kacukan dalam (Inbreeding Depression) dan Hibridisasi.
Selain itu, kemusnahan habitat, penyakit epidemik, penyakit endemik dan kegiatan manusia juga merupakan ancaman terhadap kepelbagaian genetik spesies.
